Bubikon liegt im südöstlichen Teil des Kantons Zürich in der weitgeschwungenen Mulde des Zürcher Oberlandes am Südrand des Bezirkes Hinwil. Es grenzt an die Zürcher Gemeinden Hombrechtikon (Bezirk Meilen), Grüningen, Gossau, Hinwil, Dürnten und Rüti (alle Bezirk Hinwil). Im Süden bildet die oberste Rippe der Zürichseeterrassen die Grenze gegen Jona (Kanton St. Gallen).